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服務(wù)介紹 Service Introduction

長(zhǎng)鏈非編碼RNA（long non-coding RNA，LncRNA）是一類長(zhǎng)度超過 200 nt ，不編碼蛋白質(zhì)的RNA分子。通過與 DNA、RNA 或蛋白質(zhì)結(jié)合，在表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后等水平調(diào)控基因的表達(dá)，從而普遍參與動(dòng)植物的各種生理學(xué)過程。lncRNA 測(cè)序是研究已有參考基因組物種的特定組織或細(xì)胞在某個(gè)特定時(shí)期轉(zhuǎn)錄出的所有 lncRNA 和 mRNA，并根據(jù)已知數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行詳細(xì)注釋。

實(shí)驗(yàn)流程 Experimental Procedures

分析流程 Technical Procedures

樣品要求 Sample Requirements

實(shí)驗(yàn)類型	RNA總量	樣品濃度和純度	樣品質(zhì)量	樣品保存	樣品運(yùn)輸	樣品選擇
lncRNA測(cè)序	≥ 3.0μg	>50 ng/μl，OD260/280 介于 1.8-2.0 之間，無肉眼可見污染 ;	使用 Agilent Bioanalyzer 儀器檢測(cè)，則獲得的總的 RNA 28S：18S >1，RIN>7.0	請(qǐng)選擇DEPC 水保存樣品，并在樣品信息單中注明	樣品請(qǐng)置于 1.5 ml 管中，并使用封口膜封好，放置足夠的干冰運(yùn)輸	對(duì)于細(xì)菌和真菌樣品，希望盡量來自于同一個(gè)菌株，不要有宿主 DNA 污染

實(shí)驗(yàn)周期 Turnaround Time

Illumina Novaseq6000，PE150，45 個(gè)自然日，測(cè)序量：12 Gb Rawdata。

結(jié)果展示 Overview of Result

全基因組覆蓋度分布圖，每條染色體（scaffold）偏紅色區(qū)域?yàn)槠骄疃雀叩膮^(qū)域，偏藍(lán)色為低的區(qū)域，沒有覆蓋的區(qū)域?yàn)榘咨?/span>

樣品PCA圖，如果兩個(gè)樣本距離越遠(yuǎn)，則說明兩個(gè)樣本 reads 分布的差異越大。反之，則說明相應(yīng)樣本 reads 整體分布模式越接近。所以，PCA 分析常用于評(píng)估樣本重復(fù)性的好壞。

差異基因火山圖，可直觀顯示表達(dá)差異顯著性的整體分布情況，能夠得到在不同處理或不同表型的樣品之間表達(dá)顯著差異的lncRNA，這些lncRNA對(duì)應(yīng)的基因或者靶向的基因可能在不同處理或者不同表型中發(fā)揮功能。

差異基因聚類熱圖，差異基因聚類分析用于判斷基因在不同實(shí)驗(yàn)條件下調(diào)控模式的聚類模式。根據(jù)樣品基因表達(dá)譜的相近程度，將基因進(jìn)行聚類分析，直觀地展示基因在不同樣品（或是不同處理）中的表達(dá)情況，由此獲取生物學(xué)相關(guān)信息。

差異基因 KEGG 富集通路圖，得到差異表達(dá)的lncRNA和mRNA之后。針對(duì)lncRNA，對(duì)lncRNA靶基因進(jìn)行GO和KEGG富集分析和蛋白網(wǎng)絡(luò)互作分析；