微衛(wèi)星不穩(wěn)定(MSI)檢測試劑盒產品說明書
(PCR-毛細管電泳法)
前言
微衛(wèi)星(Microsatellite)是遍布于人類基因組中的短串聯重復序列。與正常組織相比,腫瘤組織的微衛(wèi)星由于重復單位的插入或缺失而導致微衛(wèi)星長度的改變,就叫做微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(Microsatellite Instability,MSI)。研究表明,MSI是由錯配修復(MMR)基因發(fā)生缺陷引起的,與腫瘤的發(fā)生密切相關。臨床上已將MSI作為結直腸癌預后和制定輔助治療方案的重要分子標志物,并應用于協助Lynch綜合征篩查。
產品介紹
本試劑盒采用多重熒光PCR的方法對檢測位點進行擴增,通過毛細管電泳對擴增產物進行檢測,并利用分析軟件進行結果分析。其主要優(yōu)點是檢測準確全面、操作簡單快捷、結果直觀易讀等。
檢測位點
Bat26、NR27、Bat25、NR24、Mono27
產品編號
P600-S(16人份/盒)
儲存條件及有效期
1.收到干冰或冰袋冷凍運輸的試劑盒后,如暫時不用,請置于-20±5℃長期保存。
2.有效期:-20℃保存12個月,如開啟使用,盡量避免反復凍融,試劑盒反復凍融 5 次內有效,開瓶兩個月內有效。
擴增前試劑盒
試劑 | 規(guī)格 | 成分 |
Reaction Mix(2X) | 160μL×1支 | 含PCR緩沖液 |
Primers Mix | 65μL×1支 | 含檢測位點的引物 |
熱啟動酶 | 13μL×1支 | 5 U/μL |
sdH2O | 500μL×1支 | 超純水 |
擴增后試劑盒
實驗所需主要儀器設備
PCR 擴增儀、ABI 毛細管電泳儀(3500、3730 等)、96 孔板式離心機、潔凈工作臺、微量移液器、 冰箱等。
試劑盒使用方法(試劑使用前請輕微振蕩,并短暫離心)
1、基因組 DNA 準備
請使用全基因組DNA提取試劑盒對待檢樣品進行全基因組DNA進行提取。例如:廣州艾基生物技術有限公司: iPure 細胞/血液/動物組織gDNA提取試劑盒(K316-L)等試劑盒。
2、PCR 擴增
2.1 PCR 反應 PCR 反應體系(PCR 反應液現配現用,若配制多余可-20℃保存一周,勿反復凍融。)
基因組 DNA | 30ng-100ng 基因組 DNA |
Reaction Mix (2X) | 10.0μL |
Primers Mix | 3.0μL |
熱啟動C-Taq酶 | 0.8μL |
sdH2O | 補水至20.0μL |
2.2 PCR 程序
步驟 | 溫度 | 時間 | 循環(huán)數 |
預變 | 95℃ | 5mi |
|
熱循環(huán) | 95℃ | 30s | 30 |
56℃ | 90s |
70℃ | 30s |
終延伸 | 70℃ | 30min |
|
保溫 | 15℃ | ∞ |
|
備注:因各地PCR儀性能不同,循環(huán)參數中的退火溫度可適當調整,調整范圍±2℃內。亦可根據模板DNA量和檢測信號強度來調整熱循環(huán)次數。
3、毛細管電泳檢測
將PCR擴增產物3000rpm離心1分鐘,取1μL PCR擴增產物與1μL LIZ-500和9 μL去離子甲酰胺(去離子甲酰胺需要自備)混合,將96孔板離心后進行毛細管電泳檢測。
4、數據分析
1. 導入panel和bin之后,使用GeneMapper對原始數據進行分析,根據微衛(wèi)星不穩(wěn)定評判標準對結果進行判斷。(Panel,bin文件請聯系公司索取。)
2.判斷標準:
(1)高度不穩(wěn)定(MSI-H):5個分子標記中含有2個或以上出現變異。
(2)低度不穩(wěn)定(MSI-L):5個分子標記中只有1個出現變異。
(3)微衛(wèi)星穩(wěn)定(MSS): 5個分子標記中未出現變異。
3.峰圖實例:
圖1:高度不穩(wěn)定(MSI-H)
圖2:微衛(wèi)星穩(wěn)定(MSS)
樣本要求
樣本類型:人 EDTA 抗凝全血。
樣本保存:血液樣本一經采集應盡快送檢;或-20℃±5℃保存,24 個月內檢測。基因組 DNA 一經提取應盡快檢測;或 2~8℃保存,4 周內檢測;或-20℃±5℃保存,24 個月內檢測, 凍融不超過 5 次。
樣本DNA質量要求:DNA 應保證 OD260/OD280在 1.6~2.0 之間,濃度≥10 ng/μL。
注意事項
1.請在使用前仔細閱讀產品說明書。
2. 實驗室應具備合理的生物安全防備設施和防護程序,實驗室管理應嚴格按照 PCR 實驗 室的管理規(guī)范,實驗操作人員應具備基因擴增等相關實驗操作資格。PCR 相關操作應嚴格 按照國家有關規(guī)定進行嚴格分區(qū)。實驗操作的每個階段使用專用的儀器和設備,各區(qū)各階段 用品不能交叉使用,防止核酸的交叉污染。
3. 實驗中使用的離心管、吸頭,應無菌及無核酸酶。
4. 實驗過程中需穿戴防護衣物、一次性手套、口罩。
5. 檢測過程中剩余的樣品、PCR 擴增產物及污染的試劑和耗材等,需按相關法規(guī)條例來消 毒和處理。
6. 在有效期內使用試劑盒,不同批號的試劑切勿混用。
7. 酶混合液相關操作應在冰上進行。其他試劑使用前應完全解凍并混合均勻,盡量避免反 復凍融。
8.加樣時,所有液體都要緩慢加至管底,不要殘留在管壁上,不能用手直接觸摸 PCR 管管蓋。
9.若樣本存在質量問題時,如嚴重降解或含有 PCR 抑制劑等,檢測結果可能出現雜峰或 目的擴增產物丟失,影響結果判斷。
參考文獻
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