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服務(wù)介紹 Service Introduction

近年來，病原微生物的基因組研究取得了飛速的發(fā)展。所謂基因組研究是指對微生物的全基因進(jìn)行核苷酸測序，在了解全基因結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)上，研究各個基因單獨或數(shù)個基因間相互作用的功能。通過基因組研究，從根本上揭示了微生物的全部基因，不僅可發(fā)現(xiàn)新的基因間相互作用，新的調(diào)控因子等，這一研究將使人類從更高層次上掌握病原微生物的致病機制及其規(guī)律。從而得以發(fā)展新的診斷、預(yù)防及治療微生物感染的制劑、疫苗及藥品。

根據(jù)研究目的不同，微生物基因組測序主要分為四種類型：微生物基因組調(diào)查、微生物基因組框架圖、精細(xì)圖和完成圖。我公司利用 illumina 平臺進(jìn)行細(xì)菌基因組測序，采用短片段高覆蓋度測序，結(jié)合 illumina 末端配對測序，為不同測序研究提供個性化方案。

組裝評估標(biāo)準(zhǔn) Assembly Evaluation Standard

服務(wù)種類	完成標(biāo)準(zhǔn)
微生物基因組調(diào)查	測序深度達(dá)到50X
微生物基因組框架圖	基因組覆蓋度大于95%，基因區(qū)覆蓋度大于98%
微生物基因組精細(xì)圖	基因組覆蓋度大于98%，基因區(qū)覆蓋度大于99%

技術(shù)流程 Technical Procedures

生物信息學(xué)分析 Bioinformatics Analysis

生物信息學(xué)分析
基因組調(diào)查信息分析	基因組精細(xì)圖信息分析	基因組框架圖信息分析	基因組完成圖信息分析
原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計	原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計	原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計	原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計
序列的初步組裝	序列組裝	序列組裝	序列組裝
基因組大小的預(yù)測	ORF 預(yù)測和基本功能注釋	ORF 預(yù)測和基本功能注釋	ORF 預(yù)測和基本功能注釋
GC 含量和重復(fù)序列的預(yù)測	完成圖繪制的建議	精細(xì)圖繪制的建議	比較基因組學(xué)和功能基因組學(xué)的分析

樣品要求 Sample Requirements

實驗類型	RNA樣品總量	樣品濃度和純度	樣品保存	樣品選擇
微生物基因組denovo測序	小片段文庫樣品制備需要總量 3 μg 的樣品，mate-pair 文庫（2 kb、5 kb、10 kb）樣品制備需要 10-50 μg 的樣	樣品濃度 >100 ng/μl，OD260/280 介于 1.8-2.0 之間，無肉眼可見污染	請選擇干粉、酒精、TE 或超純水的保存方式之一。	對于細(xì)菌和真菌樣品，希望盡量來自于同一個菌株，不要有宿主 DNA 污染