宏基因組測序

服務(wù)介紹 Service Introduction

宏基因組測序，是對特定環(huán)境樣品中的微生物群落基因組進(jìn)行高通量測序，以分析微生物群體基因組成及功能，解讀微生物群體的多樣性與豐度，探求微生物與環(huán)境、微生物與宿主之間的關(guān)系，發(fā)掘和研究新的、具有特定功能的基因?；诟咄繙y序的宏基因組學(xué)研究具有以下優(yōu)勢：

1）很多自然界中的微生物并不能在實驗室條件下進(jìn)行培養(yǎng)，因此，無需進(jìn)行分離培養(yǎng)而擴(kuò)展了微生物的研究范圍；

2）該方法對環(huán)境中微生物群落的多樣性、功能基因等宏觀特征進(jìn)行了研究，更快更有效、準(zhǔn)確的反應(yīng)出微生物真實狀態(tài)；

3）無需基因組片段在宿主菌中的富集，高通量測序能分析挖掘總體微生物中的物種種類以及功能基因，促進(jìn)了宏基因組學(xué)在多種研究領(lǐng)域的廣泛應(yīng)用。

平臺優(yōu)勢

周期短：接收客戶樣品后，從質(zhì)檢合格到生物信息分析結(jié)束一般控制在 30-45 個工作日，根據(jù)項目樣品數(shù)量，完成周期有所調(diào)整。

技術(shù)人員經(jīng)驗豐富，可以根據(jù)合作伙伴要求提供宏基因組、多組學(xué)實驗方案、解決實驗問題、

技術(shù)流程 Technical Procedures

生物信息學(xué)分析 Bioinformatics Analysis

生物信息學(xué)分析
宏基因組細(xì)菌多樣性測序分析內(nèi)容	宏基因組學(xué)分析內(nèi)容
總體數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析	將 reads 與已測序微生物基因組（或參考序列）進(jìn)行比對，得到物種分類信息以及每個物種上的 reads 個數(shù)統(tǒng)計
單個樣品中微生物種類及豐度分析，序列聚類 OTU，群落結(jié)構(gòu)分析	對 reads 組裝，得到 contigs 序列，根據(jù) contig 的拼接結(jié)果，進(jìn)行基因預(yù)測、基因功能注釋、COG 分類、GO 分類、KEGG-KO 分類及KEGG-map 代謝圖
多個樣品間比較分析，包括相似度比對，OTU 比較、多樣品群落結(jié)構(gòu)分析，PCA（主成分）分析

樣品要求 Sample Requirements

實驗類型	樣品總量	樣品濃度	樣品純度OD260/280	DNA質(zhì)量	樣品保存	樣品運輸
環(huán)境細(xì)菌多樣性	1ug DNA	>50 ng/μl	1.8-2.0,無蛋白質(zhì)、RNA 或肉眼可見雜質(zhì)污染	基因組完整、無降解，電泳結(jié)果基因組 DNA 主帶在預(yù)期位置，清晰，無彌散，cDNA 片段化樣品，片段大小符合預(yù)期位置	請選擇干粉、酒精、TE buffer 或超純水一種，并在樣品信息單中注明	請將樣品置于 1.5 ml 管中，做好標(biāo)記，并用封口膜好，并同《測序樣品訂單》一起放在塑料樣品袋封口，基因組 DNA 如果用乙醇沉淀，可以常溫運輸。
宏基因組	3ug DNA	>30 ng/μl	1.8-2.0,無蛋白質(zhì)、RNA 或肉眼可見雜質(zhì)污染		請選擇干粉、酒精、TE buffer 或超純水一種，并在樣品信息單中注明

注：為保證實驗的質(zhì)量及延續(xù)性，請一次提供至少兩次的制備量