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轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

服務(wù)介紹 Service Introduction

轉(zhuǎn)錄組，廣義上指在相同環(huán)境（或生理?xiàng)l件）下的一個(gè)細(xì)胞、組織或生物體中出現(xiàn)的所有 RNA 的總和，包括信使 RNA（mRNA）核糖體 RNA（rRNA）、轉(zhuǎn)運(yùn) RNA（tRNA）及非編碼 RNA；狹義上則指細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出的所有 mRNA。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段，可以在細(xì)胞或組織水平上對(duì)整個(gè)轉(zhuǎn)錄組的時(shí)空表達(dá)進(jìn)行分析。利用高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是一種跨界、可靠、有效的獲得轉(zhuǎn)錄組信息的手段。相對(duì)于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺(tái)，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序無(wú)需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針，即可對(duì)任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動(dòng)進(jìn)行檢測(cè)，提供更精確的定量信息，更高的檢測(cè)通量以及更廣泛的檢測(cè)范圍，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具。通過(guò)對(duì)轉(zhuǎn)錄本表達(dá)分析可以快速發(fā)現(xiàn)新基因，并對(duì) SNP 和 lnDel 變異、可變剪切、融合基因進(jìn)行鑒定分析。

實(shí)驗(yàn)流程 Experimental Procedures

實(shí)驗(yàn)周期及測(cè)序策略

分析流程 Technical Procedures

樣品要求 Sample Requirements

結(jié)果展示 Overview of Result

樣品PCA圖，如果兩個(gè)樣本距離越遠(yuǎn)，則說(shuō)明兩個(gè)樣本 reads 分布的差異越大。反之，則說(shuō)明相應(yīng)樣本 reads 整體分布模式越接近。所以，PCA 分析常用于評(píng)估樣本重復(fù)性的好壞。

差異基因火山圖，可直觀顯示表達(dá)差異顯著性的基因/轉(zhuǎn)錄本整體分布情況，能夠得到在不同處理或不同表型的樣品之間表達(dá)顯著差異的基因/轉(zhuǎn)錄本。

差異基因聚類熱圖，差異基因聚類分析用于判斷基因在不同實(shí)驗(yàn)條件下調(diào)控模式的聚類模式。

根據(jù)樣品基因表達(dá)譜的相近程度，將基因進(jìn)行聚類分析

直觀地展示基因在不同樣品（或是不同處理）中的表達(dá)情況，由此獲取生物學(xué)相關(guān)信息。

差異基因KEGG 富集氣泡圖，取富集前20個(gè)KEGG繪制氣泡圖

樣品間相關(guān)性分析是以測(cè)序獲得的所有基因或轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量為基礎(chǔ)

分析樣品兩兩之間的表達(dá)譜是否具有相關(guān)性的手段。

艾基生物采用 Pearson 相關(guān)系數(shù)（r）來(lái)衡量?jī)蓚€(gè)變量間線性相關(guān)的關(guān)系，r 的絕對(duì)值越接近 1

表明樣品之間表達(dá)模式的相似度越高，r 值為正值代表兩樣品的表達(dá)模式呈正相關(guān)關(guān)系，負(fù)值代表負(fù)相關(guān)關(guān)系。