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蛋白酶K是一種切割活性較廣的絲氨酸蛋白酶。蛋白酶K的應用比較廣泛。包括制備脈沖電泳的染色體 DNA，蛋白質印跡以及去除DNA和RNA制備中的核酸酶。蛋白酶K的一般工作濃度是50—100μg/ml。在較廣的pH范圍內(pH 4-12.5)均有活性。

蛋白酶K已廣泛應用在皮革、毛皮、絲綢、醫(yī)藥、食品、釀造等方面。皮革工業(yè)的脫毛和軟化已大量利用蛋白酶，既節(jié)省時間，又改善勞動衛(wèi)生條件。蛋白酶還可用于蠶絲脫膠、肉類嫩化、酒類澄清。臨床上可作藥用，如用胃蛋白酶治療消化不良，用酸性蛋白酶治療支氣管炎，用彈性蛋白酶治療脈管炎以及用胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶對外科化膿性創(chuàng)口的凈化及胸腔間漿膜粘連的治療。加酶洗衣粉是洗滌劑中的新產品，含堿性蛋白酶，能去除衣物上的血漬和蛋白污物，但使用時注意不要接觸皮膚，以免損傷皮膚表面的蛋白質，引起皮疹、濕疹等過敏現(xiàn)象。