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服務(wù)介紹  Service Introduction

        基因組de novo 測序，即基因組從頭測序，是指不依賴已知的基因組序列信息，對某個物種的全基因組序列進行測序，然后利用生 物信息學手段對測序序列進行拼接、組裝，從而獲得該物種的全基因組序列圖譜。全基因組序列圖譜的構(gòu)建將全面加深對該物種起源進化 以及對特定環(huán)境適應(yīng)性過程的理解，為今后在該物種內(nèi)發(fā)現(xiàn)新基因以及物種改良起到巨大的作用，為基因組學研究搭建一個高效的平臺； 為后續(xù)的基因挖掘、功能驗證提供 DNA 序列信息。

       通過漫長的物種形成和進化，不同的物種基因組的雜合度和基因組上的重復區(qū)域不盡相同。一般雜合度不超過 0.5%、重復序列含量 不超過 50%、GC 含量為 35% 到 65% 之間的單倍體或二倍體動植物基因組定義為簡單基因組。而動植物復雜基因組是指 GC 含量小于 35% 或大于 65%，重復序列高于 50% 或雜合率大于 0.5% 的二倍體或多倍體的動植物基因組。

       利用 illumina 測序技術(shù)，構(gòu)建插入片段大小為 180 bp、300 bp、500 bp、2 kb、5 kb、10 kb、20 kb 等大小不同的測序文庫， 進行 125 bp/150 bp/250 bp 的雙末端測序。其中插入片段長度超過 1 kb 的文庫稱之為 mate-pair 文庫，長片段文庫的構(gòu)建便于基因組 組裝過程中的重復序列定位。當測序的總體深度達到 70× 以上時，即可保證基因組拼接所需數(shù)據(jù)及序列中單堿基的準確性。

技術(shù)流程 Technical Procedures

提供的服務(wù) Services

   基因組調(diào)查：評估基因組的 GC 含量、重復度、雜合度，并估計基因組的大小。 

   基因組拼接統(tǒng)計：拼接統(tǒng)計，包括原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計、測序深度、Contig N50、Scaffold N50、基因組 GC 含量等。 

    基因組注釋及基因功能分類：包括基因預測、功能注釋、ncRNA 注釋、重復序列分析以及 GO 分類、KEGG 通路分析。

     比較基因組及進化分析：核苷酸水平共線性分析，氨基酸水平共線性分析，基因簇分析以及進化關(guān)系。

組裝評估標準 Assembly Evaluation Standard

樣品要求  Sample Requirements