技術(shù)支持
致力于引進(jìn)國外先進(jìn)技術(shù),為廣大科研工作者和醫(yī)療機(jī)構(gòu)提供高質(zhì)量 的科研技術(shù)支持 。
Sanger 測序
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基因合成
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高通量測序
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分子生物學(xué)
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引物合成
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我的樣品還保留了嗎?我想現(xiàn)在反向再測一個反應(yīng)。
出于保密原則我們測序樣品只保留一個月,所以若要再測序,請抓緊時間,否則只有重新送樣。
我的質(zhì)粒樣品很好,測序結(jié)果怎不好?
由于原因不明的復(fù)雜結(jié)構(gòu)如發(fā)卡和回文結(jié)構(gòu),有時會出現(xiàn)突然信號減弱或消失;有時測序根本不能進(jìn)行下去, DNA 堿基排列并無特別異常,可能是 DNA 整體出現(xiàn)復(fù)雜結(jié)構(gòu),反應(yīng)無法進(jìn)行。
PCR 產(chǎn)物150 bp 以下的為什么不適于直接測序?
PCR 產(chǎn)物 150bp 以下的純化和定量都有一定困難,用于測序的 PCR 產(chǎn)物一般不低于150 bp 長度。一個150 bp 的 PCR 產(chǎn)物用于測序,去掉兩個引物的序列大約40 到50 bp , 再加上測序起始端的一些讀不好的堿基,真正能夠得到的有用序列不過幾十堿基。這只是最理想的假設(shè),這么短片斷測序失敗的幾率非常大,因此只能克隆后再進(jìn)行測序。
為什么 G/C rich 的樣品沒結(jié)果或結(jié)果不好,照常收費(fèi)?
由于 G/C 連續(xù)結(jié)構(gòu)有時會造成反應(yīng)中途無法正常進(jìn)行,如果結(jié)構(gòu)在引物下游近處,反應(yīng)只有一小段的信號,有時甚至反應(yīng)根本沒信號。對于這種情況,本身就潛在不確定性的測序,有很大的失敗因素。
如果 我的菌種培養(yǎng)得很好,測序應(yīng)該不會有問題吧?
對于宿主菌,提倡使用宿主菌 DH5 α, DH1 、 和 C600 E.coli 菌株也可, XL1‐Blue E.coli 菌株也不錯,但其生長過慢。 JM 系列、 TG1 系列和 HB101 系列 E.coli 菌株等由于產(chǎn)生大量的碳水化合物(即糖),而應(yīng)當(dāng)盡量避免使用;其它宿主菌可能會對測序造成影響。
我的引物做 PCR 條帶很好,但為什么測不出序來?
并不是能做 PCR 反應(yīng)的引物都能測序,測序所用引物要求較高,必須與模板完全匹配(有時 5' 端可以有個別堿基的簡并),引物長度一般為20 個堿基左右、 GC 含量適中,而且用于測序的引物一定要足夠純。
polyT 或 polyA 后峰圖雜,怎么也要收費(fèi)?
這種情況一般表現(xiàn)為 A 、 T 連續(xù)結(jié)構(gòu)后面的測序結(jié)果出現(xiàn)套峰,是樣品的內(nèi)在原因。這類問題我們應(yīng)該同正常測序一樣,給客戶報告,反應(yīng)按正常收費(fèi)。
Template mixed 為何種情況?
測序結(jié)果表現(xiàn)為套峰,測序反應(yīng)信號很好,測序結(jié)果雜亂,即同一個位置有二個峰。原因可能有:樣品并非單一模板、 PCR 產(chǎn)物中有雜帶、質(zhì)粒為雙克隆產(chǎn)物、引物特異性不高,有兩個結(jié)合點(diǎn), PCR 產(chǎn)物電泳時看不出,但測序結(jié)果能清楚地說明這點(diǎn)。
為什么你們給我的序列是反的?
測出來的結(jié)果與您預(yù)期的方向并不一致,可能是片斷插入方向是非定向的,這在 PCR 產(chǎn)物 T/A 克隆中較常見。有時,客戶要求的測序引物離克隆位點(diǎn)較近,如果反向引物相對克隆位點(diǎn)較遠(yuǎn),為得到更好的結(jié)果,我們會選擇反向引物測序,若是這種情況,用看圖軟件 Chromas 可以把圖反轉(zhuǎn)過來,就可得到正向序列。
我送什么形式的菌體樣品好?
菌體的一般形態(tài)有、菌液,平板培養(yǎng)菌、穿刺培養(yǎng)菌,甘油保存菌等。我們建議客戶所送的形態(tài)以方便且不易受污染為準(zhǔn)則,推薦穿刺培養(yǎng)菌。 上??蛻粲眠^夜培養(yǎng)好的菌液2 ml。
DNA 測序樣品用 TE 溶液溶解好不好?
由于 EDTA 是 Taq 聚合酶的一種潛在的抑制物, DNA 的測序反應(yīng)也是 Taq 酶的聚合反應(yīng),需要一個最佳的酶反應(yīng)條件,因此 DNA 測序樣品溶解時,最好用滅菌水溶解。
有雜合位點(diǎn),但你們的報告上看不到雜合的信號!
如果在您認(rèn)為應(yīng)該出現(xiàn)雜合信號的位置上只出現(xiàn)單一的信號,那么可能是您樣品突變的模板與正常的模板的比例沒達(dá)到可以測出的濃度。測序反應(yīng)的信號強(qiáng)度直接與模板的量有關(guān),如果突變的模板所占的比例很低,儀器會自動將它作為背景信號了,很難檢測出來。只有當(dāng)測序反應(yīng)體系中正常的和突變的模板量比較接近時,才能較可靠地檢測到突變體的存在。其次,在同一位置,不同堿基的信號強(qiáng)度一般是不一樣的,這樣即使突變的模板所占的比例較高時,也不一定能準(zhǔn)確檢測到突變的存在,因?yàn)?,測序儀是主要用來測序正常的堿基序列的,軟件分析結(jié)果時,會盡量提高主峰而將背景信號盡量壓低,以得到盡可能好的結(jié)果。尊重結(jié)果,我們是不會人為將出現(xiàn)…
PCR 產(chǎn)物測序與克隆后測序序列為什么有差別?
PCR 產(chǎn)物克隆到載體中進(jìn)行測序,有兩個方面可能序列有變化:首先, PCR 擴(kuò)增過程中可能產(chǎn)生錯配。將片段克隆到載體中也有可能發(fā)生突變;其次,測序的準(zhǔn)確率并非100%。
測序結(jié)果為什么與標(biāo)準(zhǔn)序列有差別?
原因可能有: 樣品個體之間的差別、測序準(zhǔn)確率的問題,自動測序儀分析序列的準(zhǔn)確并非100%,建議至少測一次雙向,通過雙向測序可以最大限度減少測序的錯誤。當(dāng)然盡管我們有時做了最大努力,但還是保證不了和文獻(xiàn)序列完全一致,但我們測序報告是客戶樣品序列的真實(shí)結(jié)果。
序列圖為什么會有背景噪音(雜帶)?是否會影響測序結(jié)果?
序列圖的背景雜帶是由熒光染料引起,如果太強(qiáng)會影響測序結(jié)果,要看信噪比,我們給的結(jié)果信噪比大都在98%以上。
你測出的結(jié)果與我預(yù)想的不一致,給我的結(jié)果與我需要的序列有差距,這是怎么回事?
首先,我們會核實(shí)給您的測序結(jié)果是否對應(yīng)您的樣品編號,如果對應(yīng)的是您的樣品,由于不知您的實(shí)驗(yàn)背景,測得的序列是否與您預(yù)想的結(jié)果一致我們無法判斷,我們能做到的是檢查發(fā)送給您的測序結(jié)果和您提供來的樣品是否一致。
測序結(jié)果怎么看不到我克隆的酶切位點(diǎn)?
可能的原因同上,您克隆的酶切位點(diǎn)距離您的測序引物太近,開始一段序列很雜,幾乎難以辨別,有可能看不清或看不到酶切位點(diǎn)。通常我們會盡量選擇距離酶切位點(diǎn)遠(yuǎn)點(diǎn)的引物,當(dāng)然,若是樣品出現(xiàn)意外原因,如空載、載體自連等,克隆的酶切位點(diǎn)也是看不到的。
測序結(jié)果怎么找不到我的引物序列?
如果找不到測序所用的引物序列。這是正常的,因?yàn)橐锉旧硎遣槐粯?biāo)記的,所以在測序報告中是找不到的;如果找不到克隆片段中的擴(kuò)增引物,可能是您克隆的酶切位點(diǎn)距離您的測序引物太近,開始一段序列很雜,幾乎難以辨別,有可能看不清或看不到擴(kuò)增引物;另外插入片段的插入方向如果是反的,此時需找引物的互補(bǔ)序列。
為什么在序列的末端容易產(chǎn)生 N 值,峰圖較雜?
由于測序反應(yīng)的信號是逐漸減弱的,所以序列末端的信號會很弱,峰圖自然就會雜亂,加上測序膠的分辨率問題,如果堿基分不開,就會產(chǎn)生 N 值,正常情況下ABI377 測序儀能正確讀出500 個堿基的有效序列。
為什么開始一段序列的信號很雜亂,幾乎難以辨別?
這主要是因?yàn)闅埓娴娜玖蠁误w造成的干擾峰所致,該干擾峰和正常序列峰重疊在一起;另外,測序電泳開始階段電壓有一個穩(wěn)定期,所以經(jīng)常有20‐50 bp 的緊接著引物的片段讀不清楚,有時甚至更長。