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如何保證組裝結(jié)果的可靠性？對(duì)于組裝的結(jié)果，除了保證Contig N50和Scaffold N50兩項(xiàng)指標(biāo)外，還需要對(duì)組裝質(zhì)量進(jìn)行評(píng)估。如利用EST數(shù)據(jù)和RNA數(shù)據(jù)進(jìn)行完整性評(píng)估，即評(píng)估組裝出來(lái)的基因的完整性；利用BAC數(shù)據(jù)檢驗(yàn)是否有裝斷或裝錯(cuò)的情況，以及利用保守基因評(píng)估（CEGAM評(píng)估／BUSCO評(píng)估）基因組組裝的完整性。 小片段和大片段的DNA樣品是否需要是一樣的？（Survey和基因組 de novo 所用DNA是否需要一樣的？）原則上進(jìn)行 Survey 和 de novo 使用的 DNA 是來(lái)自一個(gè)個(gè)體的。如果DNA量不足以滿足整個(gè)de novo項(xiàng)目，則建議小片段文庫(kù)的DNA必須來(lái)自同一個(gè)體，大片段文庫(kù)使用同一群體的另一個(gè)個(gè)體。 若樣品提取困難，樣品量不足，有什么辦法…

哪些物種可以研究WGBS?要做全基因組甲基化分析，對(duì)物種有以下要求：a. 物種為真核生物；b. 物種具有參考基因組，至少拼接到scaffold水平；c. 具有較為完整的注釋。 全基因組甲基化測(cè)序有哪些優(yōu)勢(shì)？在全基因組水平，單堿基分辨率檢出甲基化位點(diǎn)，不僅能夠高精度發(fā)現(xiàn)CpG島等常見(jiàn)區(qū)域的甲基化水平的變化，還能夠分析gene body區(qū)，基因間區(qū)等區(qū)域的甲基化水平的差異，分析甲基化對(duì)染色體的狀態(tài)以及基因結(jié)構(gòu)變化的影響，從多維度分析解決生物學(xué)問(wèn)題。

沒(méi)有參考基因組的物種，可以做small RNA測(cè)序嗎？無(wú)參考基因組的物種可以開(kāi)展small RNA測(cè)序研究，但是需要先做無(wú)參轉(zhuǎn)錄組拼接轉(zhuǎn)錄本，以轉(zhuǎn)錄本作為參考序列用于small RNA測(cè)序分析。 已知miRNA分析中，樣品的首位及各位堿基的偏好性統(tǒng)計(jì)圖可以說(shuō)明什么？miRNA前體發(fā)育為成熟體的過(guò)程是由Dicer酶酶切完成，酶切位點(diǎn)的特異性使得miRNA成熟體序列首位堿基對(duì)U具有很強(qiáng)的偏向性,而對(duì)G卻排斥，但第二到四位缺乏U，一般來(lái)講，除第四個(gè)堿基外，其他位置通常都缺乏C。 sRNA測(cè)序完成后如何進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證?sRNA后續(xù)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的方法有很多：1. qPCR，驗(yàn)證microRNA的表達(dá)；2. RIP-seq，通過(guò)RIP技術(shù)富集得到具有甲基化修飾的RNA或與目的蛋白特異結(jié)合…

用芯片技術(shù)和用二代測(cè)序技術(shù)分析circRNA有什么區(qū)別？芯片技術(shù)只能檢測(cè)已知的circRNA，而且噪音信號(hào)比較大，現(xiàn)在對(duì)circRNA的研究相對(duì)較少，對(duì)circRNA的注釋不全面；另外，circRNA的表達(dá)具有很強(qiáng)的時(shí)空特異性，我們又難以保證實(shí)驗(yàn)處理?xiàng)l件下獲得的數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)庫(kù)中收錄的數(shù)據(jù)吻合，因此可能丟失大量特異表達(dá)的circRNA；二代測(cè)序技術(shù)使用先進(jìn)軟件對(duì)樣本中circRNA進(jìn)行篩選，不僅能分析已知的circRNA，更能獲得新的circRNA，進(jìn)一步豐富對(duì)circRNA的研究。 circRNA與lncRNA的差別是什么？結(jié)構(gòu)上：circRNA沒(méi)有自由的5’端和3’端功能上： circRNA功能研究比較單一，現(xiàn)在對(duì)于其是否能夠像lncRNA一樣在染色體水平、蛋白 質(zhì)水平上具有調(diào)控作用…

哪些物種可以研究lncRNA？要做lncRNA分析，對(duì)物種有以下要求：a. 物種為真核生物；b. 物種具有參考基因組，至少拼接到scaffold水平；c. 具有較為完整的注釋。 lncRNA測(cè)序，構(gòu)建文庫(kù)時(shí)為什么要去除rRNA？lncRNA中只有l(wèi)incRNA的3’端帶有polyA結(jié)構(gòu)，其他lncRNA沒(méi)有polyA結(jié)構(gòu)，因此，為了獲得更全的lncRNA信息，不建議采用oligo(dT)磁珠富集的方式。 lncRNA靶基因預(yù)測(cè)是怎么實(shí)現(xiàn)的？lncRNA作為調(diào)控性RNA，調(diào)控靶基因的方式主要有co-location與co-expression。co-location靶基因預(yù)測(cè)基本原理認(rèn)為lncRNA的功能與其坐標(biāo)臨近的蛋白編碼基因相關(guān),于是將lncRNA臨近位置的（上下游100K）蛋白編碼基因篩出來(lái)作為其靶基因。co-expression靶基…

擴(kuò)增子測(cè)序諾禾用Ion S5 XL平臺(tái)，該平臺(tái)有什么優(yōu)勢(shì)？Ion S5 XL所采用的技術(shù)為半導(dǎo)體測(cè)序，通過(guò)半導(dǎo)體芯片直接將化學(xué)信號(hào)轉(zhuǎn)換為數(shù)字信號(hào)。該系統(tǒng)無(wú)激光光源，無(wú)光學(xué)系統(tǒng)，無(wú)照相系統(tǒng)；使用無(wú)標(biāo)記的核苷酸及酶進(jìn)行測(cè)序通過(guò)對(duì)H+ 的檢測(cè)，明顯改善堿基判讀準(zhǔn)確性。相比Illumina HiSeq PE250，該平臺(tái)讀長(zhǎng)更長(zhǎng)，無(wú)需拼接，周期更短。 16S測(cè)序哪個(gè)區(qū)域比較合適？艾基生物提供的幾個(gè)測(cè)序區(qū)域來(lái)自文獻(xiàn)調(diào)研，但是目前并沒(méi)有研究表明哪個(gè)測(cè)序區(qū)域更好。有文章研究表明土壤樣本，16S V4區(qū)（515F-806R）比較適合做擴(kuò)增子研究，可檢測(cè)的物種多樣性更豐富，并且可重復(fù)性強(qiáng)（PNAS. 2013. 110(16): 6548-6553.）。 若關(guān)注環(huán)境中的真核微生物多…

重測(cè)序與基于基因組的變異檢測(cè)有何差異？基于基因組的研究，可以比重測(cè)序獲得更多變異信息，特別是基因組中高變異的區(qū)域，以及部分新基因信息。此外，對(duì)于親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的菌株，由于高變區(qū)域較多，借助基因組手段效果會(huì)更理想。而重測(cè)序的優(yōu)勢(shì)主要在于成本方面。對(duì)于大量近緣菌株間的進(jìn)化研究，用重測(cè)序結(jié)果作為研究基礎(chǔ)是足夠的，可以用同樣的費(fèi)用獲得更多材料的變異信息。 基于重測(cè)序和基于單拷貝基因的進(jìn)化分析有何差異？進(jìn)化分析的基本要求，是找到不同基因組之間共有的保守序列，并通過(guò)序列間的差異，使用合適的數(shù)學(xué)模型構(gòu)建菌株間的進(jìn)化關(guān)系，通過(guò)重測(cè)序和單拷貝基因都能達(dá)到這樣的目的。由于采用的數(shù)據(jù)集合有所差異，因此個(gè)…

土壤樣品制備注意事項(xiàng)？采樣時(shí)，去除表面浮土，使用乙醇火燒的鏟子挖取地下5~20厘米的土層,去除可見(jiàn)根后,土壤過(guò)2毫米篩網(wǎng)，每個(gè)樣品從3個(gè)采樣點(diǎn)采集并混合而成,其中樣品量為5g，將采集的土壤樣品保存于無(wú)菌離心管中,置于0℃以下，待樣品采集完畢后,運(yùn)回實(shí)驗(yàn)室，用于抽提DNA，如不能馬上實(shí)驗(yàn)，請(qǐng)將土壤樣品迅速凍存于-20℃冰箱。 糞便樣品制備注意事項(xiàng)？糞便的保存，可放在-80℃，根據(jù)經(jīng)驗(yàn)，取內(nèi)部糞便提取基因組最好，但是不易操作。由于糞便自身的特殊性，建議隨時(shí)收集隨時(shí)保存，以便達(dá)到最優(yōu)的DNA提取效果。 對(duì)于宏基因組項(xiàng)目，怎么排除宿主污染？1. 取樣時(shí)，盡量不要取靠近組織的部位；2. 提取的時(shí)候采用相應(yīng)的試劑盒；…

檢測(cè)新菌株的變異，通過(guò)比較基因組或重測(cè)序均可以實(shí)現(xiàn)，應(yīng)該如何選擇？比較基因組和重測(cè)序的手段都可以檢測(cè)獲得新菌株的變異信息，不過(guò)兩種方法在應(yīng)用場(chǎng)合上還是有一定區(qū)別的。一般重測(cè)序手段，由于序列讀長(zhǎng)限制，為保證比對(duì)準(zhǔn)確率，一般僅保留相似度95%以上的比對(duì)結(jié)果，對(duì)于變異較大的區(qū)域，往往檢測(cè)效果不理想。由于細(xì)菌進(jìn)化速率較快，除了個(gè)別誘變獲得的菌株外，都存在不同含量變異較大的區(qū)域，一般來(lái)說(shuō)比較基因組的變異檢測(cè)效果會(huì)更加全面一些?？紤]到基于細(xì)菌框架圖的比較基因組，分析費(fèi)用與細(xì)菌重測(cè)序相比增加不多，通常情況下我們都會(huì)推薦比較基因組的分析策略。 為何完成圖選擇三代測(cè)序平臺(tái)？受測(cè)序片段長(zhǎng)度的限制，細(xì)菌…

哪些物種可以做ChIP-Seq？物種為2倍體，基因拼接至染色體水平（NCBI），注釋完整（GTF文件）即可。 Input和IP樣本之間的關(guān)系是什么？Input和IP屬于兩個(gè)樣本，在前期檢測(cè)、建庫(kù)、測(cè)序都是平行進(jìn)行的，但是分析中需要將兩個(gè)樣本的測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行整合分析，得出最終的peak結(jié)果，并進(jìn)行后續(xù)分析。 Input是什么？有什么作用？我們將DNA或者RNA片段化后，在進(jìn)行免疫沉淀前，需要取一部分?jǐn)嗔押蟮娜旧|(zhì)做Input對(duì)照（不進(jìn)行免疫沉淀過(guò)程）。Input是斷裂后的基因組DNA或者RNA，需要與沉淀后的樣品DNA/RNA一起經(jīng)過(guò)逆轉(zhuǎn)交聯(lián)，DNA/RNA純化，以及最后的PCR或其他方法檢測(cè)。通過(guò)后續(xù)數(shù)據(jù)分析，我們可以通過(guò)Input對(duì)照排除背景噪音（排除因…

外顯子測(cè)序適用于什么種類的研究？在人類基因中大約有180,000個(gè)外顯子，外顯子CDS區(qū)大小占人類基因組的1～2%，約30 Mb。人類基因組的蛋白編碼區(qū)大約包含85%的致病突變。外顯子組測(cè)序主要是針對(duì)編碼區(qū)進(jìn)行檢測(cè)，所以外顯子組測(cè)序主要適用于編碼區(qū)潛在變異引起的疾病研究。測(cè)序性價(jià)比高，尤其適合高深度、大樣本量的測(cè)序，可找出常見(jiàn)突變及低頻突變。主要應(yīng)用在孟德?tīng)栠z傳病及腫瘤等復(fù)雜疾病的研究。 外顯子測(cè)序可以檢測(cè)哪些類型的變異？外顯子捕獲是一個(gè)雜交捕獲的過(guò)程，探針與不同外顯子區(qū)段的雜交效率并不相同，進(jìn)而不同外顯子區(qū)段的覆蓋深度差異較大，因此通常外顯子測(cè)序不能用于CNV的檢測(cè)。但我們采用國(guó)際主流軟件和長(zhǎng)期優(yōu)化的分析…